K-Dense-AI / scientific-agent-skills

Scientific Agent Skills 🔔 Claude Scientific Skills 现已更名为 Scientific Agent Skills。功能保持不变，但兼容性更广——现在它不仅支持 Claude，还适用于任何支持开放 Agent Skills 标准的 AI 智能体。

New: K-Dense BYOK — 一款运行在您桌面上的开源 AI 科学助手，由 Scientific Agent Skills 提供支持。您可以自带 API 密钥，从 40 多种模型中进行选择，并获得一个完整的科研工作空间，包含网页搜索、文件处理、100 多个科学数据库，以及本仓库中全部 135 项技能的访问权限。您的数据将保留在本地计算机上，对于繁重的工作负载，还可以选择通过 Modal 扩展至云端计算。点击此处开始使用。

这是一个由 K-Dense 创建的综合合集，包含 135 项即用型科学与研究技能（涵盖癌症基因组学、药物-靶点结合、分子动力学、RNA 速率、地理空间科学、时间序列预测、通过 Hugging Science 进行的科学机器学习资源发现、78 个以上的科学数据库等），适用于任何支持开放 Agent Skills 标准的 AI 智能体。它兼容 Cursor、Claude Code、Codex 等工具。

将您的 AI 智能体转变为科研助手，使其能够执行跨生物学、化学、医学及其他领域的复杂多步科学工作流。这些技能使您的 AI 智能体能够与多个科学领域的专业科学库、数据库和工具无缝协作。虽然智能体本身可以独立使用任何 Python 包或 API，但这些明确定义的技能提供了经过整理的文档和示例，使其在处理以下工作流时表现得更加强大且可靠：

🧬 生物信息学与基因组学 - 序列分析、单细胞 RNA-seq、基因调控网络、变异注释、系统发育分析 🧪 化学信息学与药物发现 - 分子性质预测、虚拟筛选、ADMET 分析、分子对接、先导化合物优化 🔬 蛋白质组学与质谱分析 - LC-MS/MS 处理、肽段鉴定、谱图匹配、蛋白质定量 🏥 临床研究与精准医学 - 临床试验、药物基因组学、变异解读、药物安全性、临床决策支持、治疗规划 🧠 医疗 AI 与临床机器学习 - EHR（电子健康记录）分析、生理信号处理、医学影像、临床预测模型 🖼️ 医学影像与数字病理学 - DICOM 处理、全切片图像分析、计算病理学、放射学工作流 🤖 机器学习与 AI - 深度学习、强化学习、时间序列分析、模型可解释性、贝叶斯方法 🔮 材料科学与化学 - 晶体结构分析、相图、代谢建模、计算化学 🌌 物理学与天文学 - 天文数据分析、坐标变换、宇宙学计算、符号数学、物理计算 ⚙️ 工程与仿真 - 离散事件仿真、多目标优化、代谢工程、系统建模、过程优化 📊 数据分析与可视化 - 统计分析、网络分析、时间序列、出版级图表、大规模数据处理、EDA（探索性数据分析） 🌍 地理空间科学与遥感 - 卫星图像处理、GIS 分析、空间统计、地形分析、用于地球观测的机器学习 🧪 实验室自动化 - 液体处理协议、实验室设备控制、工作流自动化、LIMS 集成 📚 科学传播 - 文献综述、同行评审、科学写作、文档处理、海报、幻灯片、示意图、引文管理 🔬 多组学与系统生物学 - 多模态数据整合、通路分析、网络生物学、系统级洞察 🧬 蛋白质工程与设计 - 蛋白质语言模型、结构预测、序列设计、功能注释 🎓 研究方法论 - 假设生成、科学头脑风暴、批判性思维、基金申请书撰写、学者评估

将您的 AI 编程智能体转变为桌面上的“AI 科学家”！⭐ 如果您觉得这个仓库有用，请考虑给它点个星！这有助于其他人发现这些工具，并鼓励我们继续维护和扩展这个合集。

🎬 刚接触 Scientific Agent Skills？ 观看我们的《Scientific Agent Skills 入门》视频，获取快速指南。

📦 包含内容 本仓库提供了 135 项科学与研究技能，分为以下几类：

• 100+ 科学与金融数据库 - 统一的数据库查询技能可直接访问 78 个公共数据库（PubChem、ChEMBL、UniProt、COSMIC、ClinicalTrials.gov、FRED、USPTO 等），此外还有针对 DepMap、Imaging Data Commons、PrimeKG、美国财政部财政数据以及 Hugging Science（Hugging Face 上涵盖 17 个科学领域的科学数据集、模型和演示的精选目录）的专用技能。多数据库包如 BioServices（约 40 个生物信息学服务）、BioPython（通过 Entrez 访问 38 个 NCBI 子数据库）和 gget（20 多个基因组学数据库）进一步扩展了覆盖范围。
• 70+ 优化后的 Python 包技能 - 为 RDKit、Scanpy、PyTorch Lightning、scikit-learn、BioPython、pyzotero、BioServices、PennyLane、Qiskit、OpenMM、MDAnalysis、scVelo、TimesFM 等明确定义的技能，并附带精选文档、示例和最佳实践。注意：智能体可以使用任何 Python 包编写代码，不仅限于这些；这些技能只是为所列包提供了更强大、更可靠的性能。
• 9 项科学集成技能 - 为 Benchling、DNAnexus、LatchBio、OMERO、Protocols.io、Open Notebook 等明确定义的技能。同样，智能体并不局限于这些——任何可以通过 Python 访问的 API 或平台都可以使用；这些技能是经过优化、预先记录的路径。
• 30+ 分析与沟通工具 - 文献综述、科学写作、同行评审、文档处理、海报、幻灯片、示意图、信息图表、Mermaid 图表等。
• 10+ 研究与临床工具 - 假设生成、基金申请书撰写、临床决策支持等。